MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS5

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019432	A	7	7	15	21	100 %	0 %	0 %	0 %	414073303
2	NC_019432	AAC	2	6	31	36	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073303
3	NC_019432	GAAA	2	8	69	76	75 %	0 %	25 %	0 %	414073303
4	NC_019432	TTG	2	6	92	97	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073303
5	NC_019432	ATTT	2	8	208	215	25 %	75 %	0 %	0 %	414073303
6	NC_019432	T	7	7	237	243	0 %	100 %	0 %	0 %	414073303
7	NC_019432	GATAAA	2	12	253	264	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414073303
8	NC_019432	A	6	6	277	282	100 %	0 %	0 %	0 %	414073303
9	NC_019432	A	7	7	289	295	100 %	0 %	0 %	0 %	414073303
10	NC_019432	T	7	7	309	315	0 %	100 %	0 %	0 %	414073303
11	NC_019432	AGA	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
12	NC_019432	TAC	2	6	359	364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073303
13	NC_019432	GGAC	2	8	383	390	25 %	0 %	50 %	25 %	414073303
14	NC_019432	TTGA	2	8	439	446	25 %	50 %	25 %	0 %	414073303
15	NC_019432	TAT	2	6	510	515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073303
16	NC_019432	G	6	6	570	575	0 %	0 %	100 %	0 %	414073303
17	NC_019432	CAT	2	6	690	695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073303
18	NC_019432	GAAA	2	8	708	715	75 %	0 %	25 %	0 %	414073303
19	NC_019432	A	6	6	757	762	100 %	0 %	0 %	0 %	414073303
20	NC_019432	GAA	2	6	798	803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
21	NC_019432	TGA	2	6	852	857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073303
22	NC_019432	A	6	6	859	864	100 %	0 %	0 %	0 %	414073303
23	NC_019432	AGA	2	6	870	875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
24	NC_019432	AGTA	2	8	910	917	50 %	25 %	25 %	0 %	414073303
25	NC_019432	TTA	2	6	925	930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073303
26	NC_019432	ATGA	2	8	952	959	50 %	25 %	25 %	0 %	414073303
27	NC_019432	TAT	2	6	960	965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073303
28	NC_019432	CAA	2	6	974	979	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073303
29	NC_019432	ACT	2	6	1088	1093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073303
30	NC_019432	AGA	2	6	1097	1102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
31	NC_019432	A	6	6	1120	1125	100 %	0 %	0 %	0 %	414073303
32	NC_019432	A	6	6	1247	1252	100 %	0 %	0 %	0 %	414073304
33	NC_019432	AGAA	2	8	1269	1276	75 %	0 %	25 %	0 %	414073304
34	NC_019432	TAG	2	6	1280	1285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073304
35	NC_019432	AGA	2	6	1307	1312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
36	NC_019432	AG	3	6	1353	1358	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
37	NC_019432	AG	3	6	1368	1373	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
38	NC_019432	AG	3	6	1398	1403	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
39	NC_019432	AG	3	6	1428	1433	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
40	NC_019432	AG	3	6	1443	1448	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
41	NC_019432	AG	3	6	1473	1478	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
42	NC_019432	AG	3	6	1488	1493	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
43	NC_019432	AG	3	6	1503	1508	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
44	NC_019432	AG	3	6	1548	1553	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
45	NC_019432	AG	3	6	1578	1583	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
46	NC_019432	AG	3	6	1593	1598	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
47	NC_019432	AG	3	6	1608	1613	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
48	NC_019432	AG	3	6	1623	1628	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
49	NC_019432	AG	3	6	1638	1643	50 %	0 %	50 %	0 %	414073304
50	NC_019432	TTTA	2	8	1648	1655	25 %	75 %	0 %	0 %	414073304
51	NC_019432	GAA	2	6	1674	1679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
52	NC_019432	AGA	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
53	NC_019432	GT	3	6	1738	1743	0 %	50 %	50 %	0 %	414073304
54	NC_019432	CAA	3	9	1752	1760	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073304
55	NC_019432	A	6	6	1779	1784	100 %	0 %	0 %	0 %	414073304
56	NC_019432	AGA	2	6	1790	1795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
57	NC_019432	AGG	2	6	1840	1845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073304
58	NC_019432	A	6	6	1848	1853	100 %	0 %	0 %	0 %	414073304
59	NC_019432	AATC	2	8	1857	1864	50 %	25 %	0 %	25 %	414073304
60	NC_019432	GAA	2	6	1869	1874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
61	NC_019432	ATAAA	2	10	1912	1921	80 %	20 %	0 %	0 %	414073304
62	NC_019432	AAT	2	6	1938	1943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073304
63	NC_019432	A	6	6	1953	1958	100 %	0 %	0 %	0 %	414073304
64	NC_019432	ACAG	2	8	2093	2100	50 %	0 %	25 %	25 %	414073305
65	NC_019432	CAAGA	2	10	2145	2154	60 %	0 %	20 %	20 %	414073305
66	NC_019432	GGA	2	6	2160	2165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073305
67	NC_019432	AGA	2	6	2188	2193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073305
68	NC_019432	A	6	6	2210	2215	100 %	0 %	0 %	0 %	414073305
69	NC_019432	AATA	2	8	2237	2244	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019432	TAT	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019432	CTTT	2	8	2387	2394	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_019432	ATT	2	6	2430	2435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019432	T	6	6	2434	2439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019432	A	6	6	2447	2452	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019432	T	6	6	2458	2463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019432	A	6	6	2476	2481	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019432	T	6	6	2524	2529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019432	TCA	2	6	2539	2544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019432	CTT	2	6	2590	2595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_019432	TTC	2	6	2665	2670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073306
81	NC_019432	CGT	2	6	2754	2759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414073306
82	NC_019432	TA	3	6	2827	2832	50 %	50 %	0 %	0 %	414073306
83	NC_019432	AGC	2	6	2942	2947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073306
84	NC_019432	ATCC	2	8	2989	2996	25 %	25 %	0 %	50 %	414073306
85	NC_019432	TTTGAT	2	12	3032	3043	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414073306
86	NC_019432	TTTTTC	2	12	3084	3095	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414073306
87	NC_019432	GAT	2	6	3100	3105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073306
88	NC_019432	TG	3	6	3146	3151	0 %	50 %	50 %	0 %	414073306
89	NC_019432	ATA	2	6	3218	3223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073306
90	NC_019432	AAT	2	6	3236	3241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073306
91	NC_019432	AT	3	6	3283	3288	50 %	50 %	0 %	0 %	414073306
92	NC_019432	AC	3	6	3395	3400	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_019432	A	6	6	3452	3457	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019432	T	6	6	3539	3544	0 %	100 %	0 %	0 %	414073307
95	NC_019432	AGC	2	6	3567	3572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073307
96	NC_019432	ACA	2	6	3583	3588	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
97	NC_019432	TAG	2	6	3603	3608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
98	NC_019432	AAT	2	6	3609	3614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073307
99	NC_019432	CAG	2	6	3671	3676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073307
100	NC_019432	CTGAGA	2	12	3689	3700	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	414073307
101	NC_019432	GAT	2	6	3723	3728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
102	NC_019432	CAT	2	6	3780	3785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073307
103	NC_019432	TTG	2	6	3829	3834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073307
104	NC_019432	TGT	2	6	3864	3869	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073307
105	NC_019432	CAG	2	6	3896	3901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073307
106	NC_019432	AATTG	2	10	3913	3922	40 %	40 %	20 %	0 %	414073307
107	NC_019432	AGT	2	6	4011	4016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
108	NC_019432	ATTA	2	8	4023	4030	50 %	50 %	0 %	0 %	414073307
109	NC_019432	ATAA	2	8	4070	4077	75 %	25 %	0 %	0 %	414073307
110	NC_019432	CAA	2	6	4103	4108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
111	NC_019432	CAA	2	6	4121	4126	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
112	NC_019432	CAA	2	6	4155	4160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
113	NC_019432	TGA	2	6	4199	4204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
114	NC_019432	ACT	2	6	4288	4293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073307
115	NC_019432	CAAT	2	8	4340	4347	50 %	25 %	0 %	25 %	414073307
116	NC_019432	TG	3	6	4381	4386	0 %	50 %	50 %	0 %	414073307
117	NC_019432	AAT	2	6	4414	4419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073307
118	NC_019432	TGC	2	6	4428	4433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414073307
119	NC_019432	GAT	2	6	4461	4466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
120	NC_019432	TTTA	2	8	4491	4498	25 %	75 %	0 %	0 %	414073307
121	NC_019432	TTC	2	6	4521	4526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073307
122	NC_019432	TCT	2	6	4574	4579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073308
123	NC_019432	TAC	2	6	4621	4626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073308
124	NC_019432	T	6	6	4633	4638	0 %	100 %	0 %	0 %	414073308
125	NC_019432	T	6	6	4691	4696	0 %	100 %	0 %	0 %	414073308
126	NC_019432	GCA	2	6	4805	4810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073308
127	NC_019432	ATG	2	6	4948	4953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073308
128	NC_019432	TGT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073308
129	NC_019432	T	6	6	5008	5013	0 %	100 %	0 %	0 %	414073308
130	NC_019432	TTC	2	6	5020	5025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073308
131	NC_019432	AAT	2	6	5069	5074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073308
132	NC_019432	CAG	2	6	5100	5105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073308
133	NC_019432	T	6	6	5130	5135	0 %	100 %	0 %	0 %	414073308
134	NC_019432	GCA	2	6	5232	5237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073308
135	NC_019432	T	6	6	5238	5243	0 %	100 %	0 %	0 %	414073308
136	NC_019432	AATCA	2	10	5272	5281	60 %	20 %	0 %	20 %	414073308
137	NC_019432	TTC	2	6	5338	5343	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073308
138	NC_019432	GTC	2	6	5401	5406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414073308
139	NC_019432	ACC	2	6	5425	5430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	414073308
140	NC_019432	TGCAAT	2	12	5476	5487	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	414073308
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155	NC_019432	T	6	6	6742	6747	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_019432	TAG	2	6	7514	7519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_019432	ATT	2	6	11143	11148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_019432	TTCAA	2	10	11335	11344	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
269	NC_019432	A	7	7	11385	11391	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_019432	A	7	7	11393	11399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_019432	AT	4	8	11423	11430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_019432	A	7	7	11456	11462	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_019432	A	7	7	11500	11506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_019432	A	7	7	11522	11528	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_019432	A	7	7	11544	11550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_019432	ATA	2	6	11598	11603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_019432	GAA	2	6	11611	11616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
278	NC_019432	TTC	2	6	11635	11640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
279	NC_019432	AGG	2	6	11662	11667	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.